При наличии зарплатного проекта операция списания зарплаты передается банком без разбивки по сотрудникам и контрагентом выступает банк.
Для отнесения выплаты к сотрудникам и закрытия задолженности в Ведомости месяца в разделе Зарплата, необходимо чтобы в операции был указан именно сотрудник. Возможны 2 варианта отражения - разбитие операции на части или через импорт зарплатной ведомости.
Разбитие операции на части
Если сотрудников мало, то можно разбить операцию списания по зарплатному проекту на части и указать сотрудников, суммы выплат, статьи и за какой месяц производится выплата. Как это сделать описали в статье.

Импорт ведомости
Для ускорения процесса разбивки можно использовать виртуальный счет и импорт ведомости. Импорт операций происходит на отдельном виртуальном счете, чтобы при сверке по основному счету не было расхождений в операциях.
Для этого необходимо:
1. Создать виртуальный счет Зарплата в разделе Справочники - Счета бизнеса, зафиксировать остаток по счету 0. Если активна настройка Учет НДС, то у счета необходимо выбрать УСН без НДС в строке Налогообложение

2. Операцию списания с расчетного счета, которая загружается из выписки одной суммой, нужно преобразовать в перевод на виртуальный счет Зарплата. Можно использовать правила на преобразование операции в перевод. Подробнее о правилах писали тут.

3. Реестр по выплате зарплаты необходимо скачать из 1с/банка в формате xlsx для редактирования. Пример реестра

4. В файле реестра будут колонки - Порядковый номер, номер лицевого счета, контрагент, сумма выплаты, но колонки с датой нет. Необходимо удалить шапку до начала табличной части и после, которая может помешать загрузке. Добавить колонку с датой выплаты, колонку с описанием (указание месяца поможет сразу распределить начисление в нужный месяц) и скопировать данные по всему списку сотрудников.
5. Файл реестра загружается через Деньги - Импорт и указывается соответствие колонок. Подробнее про импорт писали тут.
Дата - Дата, ФИО - Контрагент, Сумма - счет Зарплата (списание), Месяц - Описание, остальные колонки не понадобятся.

Операции загружены на счет и баланс счета равен 0, т.к. сумма списаний равна сумме поступления в виде перевода.
6. Необходимо проверить верно ли отразился месяц выплаты и указать статью для операции. Если используется для всех сотрудников одна статья, то можно массово ее назначить всем операциям списания или заранее добавить в эксель и указать соответствие в настройке импорта. Подробнее о массовом изменении операций тут.

Если в Финтабло и в импортируемой ведомости отличается название контрагента, можно объединить нового загруженного с тем что указан в Финтабло в разделе Справочники - Контрагенты, при следующей загрузке файла операция будет привязана к объединенному контрагенту. Подробнее об объединении контрагентов в статье.