Валютные счета имеют свои особенности. Их необходимо создавать до импорта выписки, т. к. по умолчанию счет создается в базовой валюте аккаунта.
Если все таки выписка уже загружена, счет создался в рублях (либо другой базовой валюте), действовать нужно следующим образом:
1. Удалить импорт выписки из раздела Импорт.
2. Перейти в справочник Счета бизнеса.
3. В карточке счета поменять валюту.
4. Импортировать выписку снова.
Если изначально были автоматически созданы валютные переводы между счетами, то при повторной загрузке операции необходимо объединить в перевод вручную.
С подробной информацией по переводам можно ознакомиться здесь.